In relazione alla propria attività di promozione della cultura storica e di ricerca, negli anni le Civiche Raccolte Storiche hanno pubblicato numerosi volumi: inventari d’archivio, carteggi, atti di convegni, cataloghi di mostre, monografie, riviste e bollettini, confermando l’immagine di una istituzione viva e vitale, protagonista della scena culturale italiana.

Per un'analisi approfondita di quanto posseduto nell'Archivio delle Civiche Raccolte Storiche ormai indispensabile la Guida dei Fondi Archivistici, a cura di Saverio Almini (2018).

I Quaderni 

Prende il via un nuovo progetto delle Civiche Raccolte Storiche di Milano, una collana di piccole pubblicazioni, i Quaderni delle Civiche Raccolte Storiche, grazie alla quale si offriranno approfondimenti di carattere divulgativo dedicati al patrimonio conservato nella Biblioteca, nell'Archivio, nel Museo del Risorgimento e nei depositi delle raccolte di Palazzo Moriggia. 

Il primo numero è promosso in occasione del 220^ anniversario dell'istituzione della prima Repubblica Italiana (1802 - 1805) ed è mosso dall'intenzione di far conoscere un aspetto forse poco noto delle collezioni museali: un prezioso nucleo di bandiere di epoca napoleonica. 

Le Civiche Raccolte Storiche conservano importantissime testimonianze degli anni che videro l'affermarsi nel nord della penisola italiana delle repubbliche napoleoniche prima e del Regno d'Italia poi: basti pensare agli "Onori dell'Incoronazione di Napoleone a re d'Italia (esposti presso il Museo del Risorgimento come deposito della Pinacoteca di Brera), nonché alle preziose monografie di età napoleonica contenute nel Fondo Bertarelli della Biblioteca dell'Istituto. 

Il nucleo di bandiere napoleoniche , risalenti al periodo delle Campagne d'Italia e al Regno Italico, è - per numero e rarità di pezzi - unico in Italia. Ne fa parte lo stendardo che, in seguito all'ultimo riallestimento del Museo, del 2008, apre il percorso espositivo: lo stendardo della Legione Lombardia Cacciatori a cavallo, una delle prime insegne consegnate, nell'ottobre del 1796, da Bonaparte ai Lombardi che si unirono volontariamente all'armata francese.