Le origini delle Civiche Raccolte Archeologiche di Milano risalgono all’Ottocento, quando l’Accademia di Brera comprese l’importanza di un museo archeologico collegato agli studi artistici propri dell’accademia. Il primo nucleo fu la Collezione archeologica e artistica, di oltre 500 pezzi, acquistata nel 1814 dagli eredi del pittore Giuseppe Bossi, segretario dell’Accademia, che nel tempo aveva raccolto molti reperti archeologici dagli scavi praticati in Milano nelle pubbliche vie e da chiese e da abitazioni di privati e che altrimenti sarebbero andati dispersi. La Collezione comprendeva inoltre reperti greci, etruschi, egizi e anche oggetti medioevali e rinascimentali.  

Solo nel 1862 venne finalmente istituito il Regio Museo Patrio di Archeologia, retto da una Consulta Archeologica che soprintendeva, grazie a una dotazione annuale di fondi governativi, al suo riordino e ampliamento. Nacquero così le Sezioni Archeologica, Artistica e Storica, in cui cominciarono a confluire, anno dopo anno, reperti sia acquistati sia offerti in dono o depositati dal Governo, dall’Accademia di Brera, dalla Casa Reale, dal Municipio e da privati. La divisione dei materiali tra la Sezione Archeologica e quella Artistica tenne però conto più dell’aspetto artistico ed estetico che del loro contesto storico e archeologico e ciò rese incerta la destinazione e l’ordinamento di materiali archeologici particolarmente significativi per la storia più antica di Milano che, pur rinvenuti in contesti storico - archeologici, confluirono nelle Raccolte d’Arte, dove si trovano ancora, esposti nelle sale del Castello.  

La sede, sino all’anno 1898, fu la soppressa chiesa di S. Maria a Brera, dell’ordine degli Umiliati. Nel 1900, il museo, che riuniva le raccolte statali e quelle municipali, venne trasferito al Castello Sforzesco nella Corte Ducale per poi spostarsi, nel 1965, nell’area dell’antico Monastero Maggiore di S. Maurizio, dopo il completamento del restauro del complesso, pesantemente bombardato nell’ultima guerra, mentre le Sezioni di Preistoria ed Egizia sono rimaste al Castello. 

Nel corso degli anni le raccolte si sono progressivamente arricchite di donazioni, lasciti, depositi dello Stato e della Regione Lombardia e acquisti.