Le Sale 21, 22 e 23 sono dedicate alle aree protette italiane e illustrano la fauna del nostro Paese, ma anche i principali temi dell'ecologia e della conservazione della natura.

I tre diorami presenti nella sala 21, realizzati nei primi anni Settanta del secolo scorso, testimoniano l'evoluzione delle tecniche espositive all'interno del Museo e mostrano i primi tre parchi nazionali nati in Italia: il Parco d'Abruzzo con l'orso bruno, il Parco dello Stelvio con il cervo e il Parco del Gran Paradiso con lo stambecco.

La sala 22 ospita otto diorami ambientati in Trentino-Alto Adige/Südtirol, Friuli-Venezia Giulia, Toscana, Sardegna e Abruzzo. Una serie di vetrine fornisce informazioni sulla fauna e la flora degli ambienti naturali italiani, attraverso le varie fasce di vegetazione, dalle vette alpine e appenniniche fino alle pianure e agli ambienti mediterranei. Una vetrina illustra la successione dei pesci dalla sorgente alla foce di un fiume italiano in relazione alle caratteristiche ecologiche.

La sala 23 ospita ben ventisette diorami sulle aree protette italiane. Rispetto alle sale precedenti, qui viene dato maggiore spazio ad uccelli, rettili e anfibi con un'attenzione particolare ai dettagli. 

Nei diorami appaiono molte delle specie più preziose della fauna italiana come la lontra, la lince, il gatto selvatico, il gallo cedrone e la lucertola ocellata.

Da non perdere: le scene notturne ambientate nel Lazio, protagonisti l’istrice e il tasso, e la scena di caccia della martora mentre preda uno scoiattolo, ambientata in Calabria.